În anul 1990, o comisie guvernamentală de anchetă a evenimentelor din 1989 condusă de Viorel Oancea a propus trimiterea în judecată a generalului Stănculescu pentru participare la reprimarea revoluției. Acest lucru s-a întâmplat abia în 1997. În 1999 a fost condamnat de Curtea Supremă la 15 ani închisoare pentru omor deosebit de grav săvârșit prin reprimarea revoluției din Timișoara, hotărâre confirmată în 2000 în urma recursului. Casată în 2004, hotărârea judecătorească a fost reconfirmată în 2007. În octombrie 2008, Curtea Supremă a respins recursul fostului general Stănculescu la decizia din 2007, acesta ispășindu-și în prezent în închisoare sentința pronunțată în 1999. Totuși, în 2009, Stănculescu a reușit să mai fenteze justiția timp de luni bune, pe motiv de boală – despre traseul juridic deosebit de încâlcit al dosarului său și cum ani de zile acesta a sfidat justiția și memoria revoluționarilor din 1989, puteți citi mai pe larg în articolul Dosarele militarilor.
Potrivit motivării sentinței din 2007, Victor Atanasie Stănculescu a făcut parte din comandamentul care a condus acțiunea de reprimare a manifestațiilor de la Timișoara și a exercitat cu „vădit exces de zel” atribuțiile ce i-au revenit în cadrul acelui comandament. Aceasta a dus și la numirea sa de către Ceaușescu, în seara de 20 decembrie 1989, în funcția de comandant militar unic al municipiului Timișoara.
